Max Planck Brain Imaging Library (OpenBILD)

Projekt Koordinator: MPI für Bildungsforschung, Berlin

Partner

• MPI für Bildungsforschung, Berlin
• MPI für Kognitions- und Neurowissenschaften, Leipzig
• MPI für Psycholinguistik, Nijmegen

Laufzeit: 01.02.2013 – 31.01.2015

Projektbeschreibung:
Hirnforschung findet immer größere Aufmerksamkeit in der Presse. Um fundierte Aussagen über die Funktionsweise des menschlichen Gehirns treffen zu können, bedarf es an qualitativen Daten und oft auch einer großen Anzahl an Beispielen für Vergleiche. Daten aus den Neurowissenschaften sind nicht nur äußerst heterogen sondern auch sehr verteilt, so dass Institute der Max-Planck-Gesellschaft vielfach nicht von Experimenten an anderen Standorten profitieren können. Das Projekt OpenBILD konzentriert sich auf Anpassungen der Open Source Plattform XNAT , um Wissenschaftlern aus den Neurowissenschaften das Archivieren und Austauschen von Daten zu ermöglichen. Gleichzeitig werden Werkzeuge für automatische Qualitätskontrollen als auch für das Vorbereiten der Daten zur Verfügung gestellt.

Die Heterogenität der Daten wird sichtbar, wenn man die verschiedenen Datentypen genauer betrachtet. So finden sich unter den Daten der Wissenschaftler neben Bilddaten im sogenannten DICOM Format aus den MRT Scannern auch demographische, sozioökologische, psychologische, verhaltensbezogene, medizinische und genetische Informationen in den unterschiedlichsten Formaten. Um die Untersuchung der umfangreichen Bestände auch in Zukunft zu gewährleisten, ist die Entwicklung bzw. Nutzung einer Ontologie geplant. Die im Rahmen der Ontologie definierten Konzepte und Beziehungen dienen dazu, Suchen und Browsen der Daten deutlich zu verbessern.

Um eine nutzbare Plattform für die Wissenschaftler schaffen zu können, müssen ihre Bedürfnisse, ihre verwendeten Datenformate und Workflows im Detail bekannt sein. Der Austausch mit den Neurowissenschaftlern ist für die Entwicklungen in OpenBILD daher von großer Bedeutung. Zur Gewährleistung des Austausches pendelt einer der Entwickler in einem ersten Schritt kontinuierlich zwischen den Institutsstandorten Berlin und Leipzig. Gleichzeig wird der Austausch mit der Open Source Community vorangetrieben, da die Weiterentwicklung der XNAT Plattform selbst sinnvoller Weise in Gemeinsamkeit mit der genannten Community erfolgt. Auf diese Weise profitiert das Projekt von Entwicklungen, die aus den Reihen der Community stammen. Anpassungen der Software, die nur für die Institute relevant sind, werden separat entwickelt und können dann als Modul später mit dem aktuellsten Release der XNAT Anwendung integriert werden.

Im Laufe des Projektes wird die MPDL die Fähigkeit aufbauen, Support für die bestehenden Installationen als auch eine Beratung für weitere interessierte Institutionen anbieten zu können. Dazu findet ein systematischer Wissenstransfer von den Projektteilnehmern zur MPDL statt, insbesondere durch Dokumentation, Videokonferenzen, Face-to-Face-Treffen und eine enge Zusammenarbeit zwischen den Entwicklern sowie den Projektkoordinatoren. Die MPDL akkumuliert dabei das Wissen der verschiedenen Projektteilnehmer. Als Grundlage für den späteren Betrieb werden die Institute mit Unterstützung der MPDL ein Nachhaltigkeits- und Finanzierungskonzept erarbeiten.

• eXtensible Neuroimaging Archive Toolkit
• Digital Imaging and Communications in Medicine
• Magnetresonanztomographie